1.申报。申请单位提出书面申请，填写《卫生许可证申请书》或《卫生许可证变更申请书》并递交符合卫生要求有关材料。
2.登记。依照卫生许可受理规定和公共场所许可的条件，对属于受理范围的申报材料来核对、登记。新建、改建、扩建公共场所应按照预防性卫生监督工作程序，先办理建设项目卫生审查认可，按审核批准的内容施工，工程完工后申办建设项目竣工卫生验收认可，再申报办理《公共场所卫生许可证》。
3.受理。经对申报材料审查后，卫生行政部门在5个工作日内对符合受理规定的发放《行政许可受理通知书》。不符合受理规定的发放《行政许可不予受理决定书》，对于资料不全的，发出《行政许可补正材料通知书》。
4.审查：卫生行政部门受理申请后，组织业务人员按照卫生法律和法规及国家卫生规定要求，对申报材料来审查，对经营场所现场进行审核，有一定的问题的，提出整改措施和意见。
5.决定：卫生行政部门自受理申请之日起二十日内，根据审查意见，对符合相关规定的，准予行政许可。不符合相关规定的，作出不予行政许可决定。卫生行政部门作出准予行政许可决定的，自作出决定之日起十日内向申请人颁发、送达《公共场所卫生许可证》。
办理卫生许可证需要下材料包括卫生许可证申请表;法定代表人或者负责人身份证明;公共场所平面图和卫生设施平面布局图;卫生检测或者评价报告;卫生管理制度;集中空调进气通风系统卫生检测或者评价报告;企业营业执照复印件;健康证明复印件;房产证或租房协议复印件。
《食品经营许可管理办法》第十八条，县级以上地方食品药监管理部门应该依据申请材料审查和现场核查等情况，对合乎条件的，作出准予经营许可的决定，并自作出决定之日起10个工作日内向申请人颁发食品经营许可证;对不合乎条件的，应当及时作出不予许可的书面决定并说明理由，同时告知申请人依法享有申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
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