防止变质：中药材中如果存在大量细菌等微生物，可能会引起药材的变质。微生物的生长繁殖会消耗药材中的营养成分，改变药材的化学成分和物理性质。例如，一些富含淀粉、糖类等营养物质的中药材，容易被细菌和霉菌利用，导致药材发霉、腐烂，失去原有的药效。
维持有效成分：杀菌能够大大减少微生物对中药材有效成分的破坏。某些微生物可能会产生酶类物质，这些酶能分解中药材中的有效成分，降低药材的药用价值。通过杀菌处理，可保护中药材的有效成分，确保其质量稳定。
避免感染风险：未经杀菌处理的中药材可能携带致病菌，如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌等。这些致病菌如果进入人体，可能会引起严重的感染性疾病，对患者的健康造成威胁。特别是对于免疫力低下的人群，如老人、儿童、病人等，使用含有致病菌的中药材有几率会使更严重的后果。
防止毒素产生：一些微生物在生长过程中会产生毒素，如黄曲霉毒素、赭曲霉毒素等。这些毒素具有很强的毒性，对人体的肝脏、肾脏等器官导致非常严重损害，甚至有可能致癌、致畸、致突变。对中药材进行杀菌处理，可以有很大成效避免微生物毒素的产生，保障用药安全。
药品监管：各国药品监管部门对中药材的质量和安全性有严格的要求。中药材一定要符合一定的卫生标准，这中间还包括微生物限度的控制。药品生产企业一定对中药材进行杀菌处理，确保其微生物含量在规定的范围内，以满足法规要求，避免因质量上的问题而受到处罚。
行业标准：中药材行业也制定了一系列的标准和规范，对中药材的质量和安全来进行约束。这些标准通常要求中药材在生产、加工、储存和运送过程中，一定要采取有效的杀菌措施，以保证中药材的质量和安全。合乎行业标准能大大的提升企业的竞争力，增强花了钱的人产品的信任度。
减少微生物活动：杀菌可以有实际效果的减少中药材中的微生物数量，降低微生物的活动强度。微生物的生长繁殖需要一定的条件，如适宜的温度、湿度和营养物质等。通过杀菌处理，可以破坏微生物的生存环境，抑制其生长繁殖，从而延长中药材的储存期限。
防止虫害：一些微生物可以与害虫相互作用，促进害虫的生长和繁殖。对中药材进行杀菌处理，能够大大减少微生物的数量，从而间接减少害虫的滋生。此外，杀菌处理还可以破坏害虫的生存环境，降低害虫的活动能力，进一步延长中药材的储存期限。
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